Kemitraan yang dibangun oleh Pusat Kajian Sains Halal IPB secara sinergis menjadi sangat penting dalam keberhasilan penyelenggaraan program kerja. Oleh karena itu, Pusat Kajian Sains Halal IPB telah bekerja sama dengan beberapa instansi, baik dari internal, maupun eksternal IPB.
Internal IPB :
Laboratorium Kimia Terpadu IPB
SEAFAST Center
Pusat Studi Biofarmaka
Pusat Kajian Bisnis dan Ekonomi Syariah
Pusat Studi Cibest dan Trop BRC
Departemen (Kimia, Teknologi Industri Pertanian, Ilmu dan Teknologi Pangan, Teknologi Hasil Perairan, Biokimia, Biologi, Ilmu Produksi dan Teknologi Peternakan)
Fakultas (Kedokteran Hewan, Perikanan dan Ilmu Kelautan, Peternakan, Teknologi Pertanian, Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam, Ekonomi dan Manajemen, Ekologi Manusia)
Bogor Life Science and Technology (BLST) IPB
Eksternal IPB :
LPPOM MUI
Badan Penyelenggara Jaminan Produk Halah (BPJPH), Badan Pengawas Obat dan Makanan RI (BPOM RI), Kementerian Agama, Kemristekdikti, Kementerian Perindustrian, Kementerian Koperasi dan Usaha Kecil dan Menengah
Lembaga internasional, yakni Japan International Cooperation Agency (JICA)